由于传统的地面回风形式，会增加落菌面积和洁净的死角，同时，由于地面开孔会给土建增加大量工作，因此，为了即达到洁净的最佳效果，又减少施工中的无谓工作，净化车间设计中采用了在洁净室内与走廊相邻的隔墙及门上两侧的下部安装双层百页风口， 通过室内、外空气的压差，将室内的空气排入走廊， 再由走廊上部的双层百页风口统一由回风管道送回至空调机房。
回风系统也根据洁净要求采用了三个回风系统： 一层大输液车间为万级洁净区，采用一个回风系统；二层西药部分和药检部分为万级洁净区，采用一个回风系统； 二层中药车间为十万级洁净区，采用一个回风系统。
通过送风系统和回风系统的分区设置，满足了净化车间内不同洁净分区内空气的不同洁净度要求，也杜绝了各个洁净区内空气的混合，避免洁净车间内不同分区内空气可能产生的交叉污染，同时满足了工艺要求中区分人流和物流路径中的空调气流组织的要求。
